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Statistics (統計学)

Bio Statistics by R Bioconductor

(Rバイオコンダクターを用いた医学・生物(遺伝)統計解析)

近年、生物学、医学など生命科学の分野において、
DNAシーケンスデータ
マイクロアレイデータ
SNPsデータ
など様々な遺伝子データ、生体データが溢れてきており、
これらを統計解析し如何に有用なデータを探りだすかという事即ちdatamining(データマイニング)が重要になっています。
Rというオープンソースの統計ソフトにはバイオコンダクターというパッケージがあり、
医学的、生物学的、遺伝学的にも世界で多くの研究者達により利用されています。
筆者は経済学的解析、SEO(Search Engine Optimization)の為の統計解析、株解析を始めとして、
統計的有意さを求められるものに関して、様々な解析を行っていますが、
今回は実際の癌の遺伝子解析と合わせて遺伝統計解析について、記していきます。

まずは、Rをインストールした状態で以下のコマンドを打ち生物関連統計解析

#Rコマンドここから(Bioconductor有用ツール)
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“Biobase”)
biocLite(“affy”)
biocLite(“limma”)
biocLite(“annotate”)
biocLite(“Biostrings”)
biocLite(“genefilter”)
biocLite(“gcrma”)
biocLite(“geneplotter”)
biocLite(“affyPLM”)
biocLite(“vsn”)
biocLite(“marray”)
biocLite(“annaffy”)
biocLite(“AnnotationDbi”)
biocLite(“biomaRt”)
biocLite(“affyQCReport”)
biocLite(“affyio”)
biocLite(“preprocessCore”)
biocLite(“IRanges”)
biocLite(“simpleaffy”)
biocLite(“DynDoc”)
biocLite(“multtest”)
biocLite(“mathcprobes”)
biocLite(“Rgraphviz”)
biocLite(“ROC”)
biocLite(“graph”)
biocLite(“GSEABase”)
biocLite(“Category”)
biocLite(“tkWidgets”)
biocLite(“widgetTools”)
biocLite(“GOstats”)
#Rコマンドここまで(Bioconductor有用ツール)

*The R Project for Statistical Computing
http://www.r-project.org/
*bioconductor.org
http://www.bioconductor.org/

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